על פי גרסתו של יעלון לפרשת הצוללות, רק בפברואר 2016 - חודש וחצי לאחר שאיש סודו של ראש הממשלה דוד שמרון נפגש עם נציג התאגיד הגרמני טיסנקרופ גנור ועם השגריר הגרמני - גילה יעלון באמצעות הדלפה ממקור ממשלתי בכיר כי נתניהו עמד לחתום על הסכם לרכישת הצוללות בגרמניה ללא ידיעתו.
יעלון, שהיה בין אלו שהוזמנו למסור עדות בתיק 3000, התייחס לפרשה בסרטון שפרסם בפייסבוק: "חסמתי בגופי את עסקת הצוללות עוד בהיותי שר ביטחון והעסקה חודשה רק לאחר שעזבתי את המשרד. מדובר בעסקה של מיליארדים שלא אני ביקשתי כשר ביטחון ולא הרמטכ"ל ולא מפקד חיל הים. אינני מתבטא פומבית לגבי פרטי הפרטים שאני יודע כדי לא לחבל בחקירה, ואני מאמין גם שיוגשו כתבי אישום".